Centre Hospitalier Universitaire Vaudois

Bioinformaticien-ne pour le Centre des Thérapies Expérimentales (BB-9F70A)

Gefunden in: Talent CH

Beschreibung:

Contexte

Le Centre hospitalier universitaire vaudois (CHUV) est l'un des 5 hôpitaux universitaires suisses. Grâce à sa collaboration avec la Faculté de biologie et médecine de l'Université de Lausanne et l'EPFL, le CHUV joue un rôle de pointe dans les domaines des soins médicaux, de la recherche médicale et de la formation.Depuis plus de 10 ans, le Département d’oncologie incarne l'intégration de la prise en charge clinique et de la recherche sur le cancer. Il comprend les services d'oncologie médicale, de radio-oncologie, d'hématologie (avec l'activité de transplantation de la moelle osseuse), d'immuno-oncologie ainsi que le Centre des thérapies expérimentales.Le poste proposé se situe dans l’équipe Hi-TIDe (Human integrated tumor immunology discovery engine) dont l’objectif est de mieux comprendre deux composantes distinctes de la dynamique entre les tumeurs et les cellules T: quels sont les antigènes de rejet des tumeurs et quelles sont les caractéristiques des cellules T associées à une meilleure efficacité, des questions clés dans le développement de nouvelles thérapies personnalisées.MissionLe/la bioinformaticien/ne renforcera l’équipe computationnelle travaillant majoritairement sur des analyses de données transcriptomiques. Le/la bioinformaticien/ne générera des approches informatiques adaptées à l’analyse de dataset issus de diverses études (pré) cliniques. Ce poste offre l’occasion de développer et d’exécuter des découvertes dans un environnement de recherche translationnelle de pointe.Dans le cadre de la mission qui vous sera confiée, vous serez amené-e à : Appliquer et développer des méthodologies d’analyse (existantes ou non) pour de larges quantités de données transcriptomiques jusqu’au niveau de la cellule individuelleImplémenter, appliquer et évaluer des méthodes pour traiter, normaliser et visualiser des données de cellules uniquesAider à améliorer la compréhension des réponses cliniques en les mettant en parallèle avec des analyses d’expression génétiques des cellules immunitaires/tumorales pour comprendre la biologie de la maladie, les biomarqueurs potentiels et les corrélats immunitaires d’efficacitéIdentifier de nouvelles méthodes d’analyse, des sources de données et des collaborations externes qui augmenteront les compétences d’immunologie des systèmes informatiques et profiteront au départementIntégrer les équipes du groupe Immune monitoring et travailler conjointement avec d’autres bioinformaticiens pour développer des outils d’analyse de manière quantitative à partir de dataset omiques. Profil Vous êtes titulaire d’un Doctorat en biologie computationnelle ou en bio-informatique avec des bases solides pour la biologie (immunologie et cancer), les mathématiques appliquées et/ou les statistiques. Des années d’expérience dans l’application d’approches quantitatives à la résolution de problèmes biologiques représentent un atoutVous avez une expérience réussie dans l’analyse de données « Next-Generation Sequencing (NGS) » transcriptomiques (RNA sequencing) et/ou d'une expérience dans l’analyse de données single-cell RNA sequencing, que ce soit dans l’analyse d’expression des gènes ou des TCR (VDJ sequencing)Une première expérience avec des données de cellules uniques provenant de la technologie 10x Genomics et/ou dans l’analyse de séquences des récepteurs TCRs/BCRs des cellules T ou B respectivement est un plusVous avez de vastes connaissances en langages de programmation et en analyses statistiques notamment en R (Python et Perl) ou packages R dédiés à la biologie tel que BioconductorVous bénéficiez d'une expérience dans un environnement UNIX et bash scripting (lancement de pipelines sur serveur et adaptation de scripts)Vous détenez une expérience avec des approches de flux de travail reproductibles (Jupyter, Notebooks, R Markdown ou Github)Vous avez une connaissance approfondie des bases de données, méthodes et outils publics et propriétaires Vous portez de l'intérêt pour les processus et les mécanismes biologiques et pathologiques, en particulier à visée immunologique et dans le contexte de la recherche pour le cancer. Un parcours en biologie humaine/médecine, en physiopathologie des maladies immunologiques et/ou le cancer est considérée un plusDoté-e d’un très bon relationnel et une personnalité orienté-e clients internes, vous êtes apte à interagir efficacement avec les biologistes et bioinformaticiens de l'unité de recherche pour communiquer, discuter des résultats, des idées et du suivi des expériencesAu bénéfice d'une excellente maitrise de la langue anglaise (oral et écrit),votre détenez de très bonnes compétences en communication (publications et présentations)Vous savez vous organiser et gérer votre temps et vos prioritésVous faites preuves d’adaptation et de flexibilité. Nous offronsDevenir une collaboratrice ou un collaborateur du Centre hospitalier universitaire vaudois, c'est l'assurance de bénéficier : De prestations sociales de premier ordreD'une progression salariale régulière adaptée aux responsabilitésD'un droit à trois jours de formation minimum par annéeDe 25 jours de vacances par annéeDe restaurants d'entreprise de qualité hôtelière, dans chacun des bâtiments de l'institution.

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